Περιλαμβάνει την χειρουργική ολόκληρου του γαστρεντερικού σωλήνα (δηλ. του οισοφάγου, του στομάχου, του λεπτού και του παχέος εντέρου, του ορθού και του πρωκτού), την χειρουργική τού ήπατος, των χοληφόρων και του παγκρέατος και την χειρουργική του σπληνός. Πολλές από τις παθήσεις των οργάνων αυτών, τόσο καλοήθεις όσο και κακοήθεις, αντιμετωπίζονται σήμερα με λαπαροσκοπικές τεχνικές στην πραγματοποίηση των οποίων ο κ. Φουντουλάκης έχει αποκτήσει ιδιαίτερη εμπειρία. Έχει εκπαιδευτεί επίσης στη διενέργεια ενδοσκοπήσεων (γαστροσκοπήσεων και κολονοσκοπήσεων) τις οποίες χρησιμοποιεί τόσο στα πλαίσια της προεγχειρητικής και διεγχειρητικής διερεύνησης των ασθενών όσο και θεραπευτικά (πχ ενδοσκοπική αφαίρεση πολυπόδων, διάταση στενώσεων με μπαλόνι, τοποθέτηση stent κλπ).

Περιλαμβάνει την χειρουργική αποκατάσταση των κηλών του πρόσθιου κοιλιακού τοιχώματος (πχ βουβωνοκήλη, ομφαλοκήλη, μετεγχειρητική κήλη κλπ) καί την αντιμετώπιση των παθήσεων του δέρματος (πχ κύστη κόκκυγος, λιπώματα, σπίλοι κλπ). Για την αντιμετώπιση των κηλών ειδικότερα, ο κ. Φουντουλάκης εφαρμόζει τις νεώτερες λαπαροσκοπικές τεχνικές με χρήση πλέγματος οι οποίες εξασφαλίζουν άριστο λειτουργικό και κοσμητικό αποτέλεσμα και περιορίζουν σημαντικά τον μετεγχειρητικό πόνο και το χρόνο νοσηλείας στο Νοσοκομείο.

Περιλαμβάνει τις καλοήθεις παθήσεις του μαστού (πχ κύστεις, ινοαδενώματα κλπ) και, κυρίως, τον καρκίνο του μαστού για την αντιμετώπιση του οποίου ο κ. Φουντουλάκης εφαρμόζει τις πιο σύγχρονες τεχνικές οι οποίες αποσκοπούν στη διατήρηση του μαστού και την αποφυγή λεμφαδενικού καθαρισμού της μασχάλης όπου αυτό είναι εφικτό ή στην πλαστική αποκατάσταση του μαστού όταν μία πιο ριζική επέμβαση είναι αναγκαία.

Περιλαμβάνει τη χειρουργική αντιμετώπιση των παθήσεων του θυρεοειδούς, των παραθυρεοεδών και των επινεφριδίων. Η πλειοψηφία των παθήσεων των ενδοκρινών αδένων αφορούν σε καλοήθεις λειτουργικές διαταραχές των αδένων αυτών οι οποίες αντιμετωπίζονται κατά κανόνα φαρμακευτικά χωρίς να απαιτείται χειρουργική επέμβαση. Χειρουργικά αντιμετωπίζονται συνήθως οι όγκοι των ενδοκρινών αδένων οι οποίοι είναι σπανιότεροι και έχουν αρκετά καλή πρόγνωση εφόσον αντιμετωπισθούν σωστά.

Περιλαμβάνει την αντιμετώπιση οξέων χειρουργικών παθήσεων οι οποίες εάν δεν αντιμετωπισθούν έγκαιρα και αποτελεσματικά μπορούν να θέσουν σε κίνδυνο τη ζωή του ασθενούς. Ενδεικτικά αναφέρονται η σκωληκοειδίτιδα, η χολοκυστίτιδα, η διάτρηση του στομάχου, η παγκρεατίτιδα, ο αποφρακτικός ειλεός, η εκκολπωματίτιδα, οι αιμορραγίες του στομάχου και του εντέρου και τα τραύματα των ενδοκοιλιακών οργάνων. Η χειρουργική αντιμετώπιση των παθήσεων αυτών είναι συχνά δύσκολη και απαιτεί μεγάλη εμπειρία την οποία ο κ. Φουντουλάκης απέκτησε κατά τη διάρκεια της μακρόχρονης θητείας του σε μεγάλα Βρετανικά Νοσοκομεία.

Μετά την ολοκλήρωση της εκπαίδευσής του στη Γενική Χειρουργική, ο κ. Φουντουλάκης εργάσθηκε για τέσσερα ακόμη χρόνια σε μονάδες με ιδιαίτερο ενδιαφέρον στη χειρουργική του Ανώτερου Πεπτικού συστήματος η οποία αφορά στις παθήσεις του οισοφάγου, του στομάχου, του δωδεκαδακτύλου, του σπλήνα, του ήπατος, των χοληφόρων και του παγκρέατος καθώς επίσης και στη χειρουργική της παχυσαρκίας. Πρόκειται για απόλυτα εξειδικευμένη και δύσκολη χειρουργική η οποία απαιτεί μακροχρόνια εκπαίδευση και εμπειρία για τη σωστή εφαρμογή της.

Στις καλοήθεις παθήσεις του Ανώτερου Πεπτικού περιλαμβάνονται κάποιες από τις συνηθέστερες παθήσεις του πεπτικού συστήματος όπως για παράδειγμα η γαστρο-οισοφαγική παλινδρόμηση και η χολολιθίαση (“πέτρες” στη χολή), οι οποίες αντιμετωπίζονται συνήθως με λαπαροσκοπικές και ενδοσκοπικές τεχνικές. Στην χειρουργική του Ανώτερου Πεπτικού εντάσσονται επίσης οι λαπαροσκοπικές επεμβάσεις κατά της παχυσαρκίας η συχνότητα της οποίας αυξάνεται με ραγδαίους ρυθμούς τα τελευταία χρόνια. Στις κακοήθεις παθήσεις του Ανώτερου Πεπτικού περιλαμβάνονται οι καρκίνοι του οισοφάγου, του στομάχου και του παγκρέατος οι οποίοι είναι λιγότερο συχνοί αλλά απαιτούν την εφαρμογή εξειδικευμένων και ιδιαίτερα πολύπλοκων χειρουργικών τεχνικών για την αντιμετώπισή τους.

Κατά τη διάρκεια της παραμονής του στη Μεγάλη Βρετανία και την Αυστραλία, ο κ. Φουντουλάκης απέκτησε ιδιαίτερα μεγάλη εμπειρία στην Χειρουργική του Ανώτερου Πεπτικού και μετά την επιστροφή του στην Ελλάδα εφαρμόζει τις πιο σύγχρονες διαγνωστικές και θεραπευτικές τεχνικές για την αντιμετώπιση των παθήσεων αυτών. Πέρα από το κλινικό του ενδιαφέρον, ο κ. Φουντουλάκης έχει πλούσιο ερευνητικό και συγγραφικό έργο σε σχέση με τις παθήσεις του Ανώτερου Πεπτικού και ειδικότερα τον καρκίνο του οισοφάγου και τον οισοφάγο Barrett.